MES在实施时要分为不同的阶段、且难点也不同，因此要在实施前理清思路，避免过多的失误，耽误正常的生产进度。
MES的实施阶段划分可按照这样几个点进行：在集成的前提下实现可视化，在可视化的基础上实现精细化，在精细化的前提下实现均衡化。
透明的目的是要实现生产过程的可视化和精细化生产。实现制造信息的采集是很多企业实施MES系统的初衷，也是很容易见效的环节。但要真正实现“透明化”，仅完成制造数据的采集是远远不够的，关键还要实现制造数据的集成（物料数据、产品数据、工艺数据和质量数据等），只有实现了集成，通过逐步细化，实现生产过程的可视化管理。
在透明化的基础上，实现均衡生产。众所周知，只有实现了均衡生产，才能实现产品质量、产品成本、产品交货期的均衡发展。目前很多企业质量不稳定、制造成本高，其核心就是生产的不均衡。
在均衡的前提下，通过优化（PDCA），实现高效生产，这是MES实施的真正目标，但不是一蹴而就。
有些制造企业在初次部署谷器MES时，会认为只要安装上系统测试完成就可以直接使用了，没有那么多弯弯道道。可事实并非想象的那么简单，如果就只是安装系统上线使用，MES服务商就不会在前期一次次调研，根据企业实际需求定制方案等等。
MES系统实施时常见的难点：
（1）MES的需求难以准确把握
MES系统需求的把握主要难在两个方面。首先，系统边界难以划分。谷器MES系统与很多系统在功能上有一定的交叉重叠，如ERP、PDM、SCM等等，因此企业往往对某个需求通过哪个系统来实现存在困惑。对此，企业需要理清系统之间的关系，划清系统之间的边界，才能确定对MES系统的需求。其次，对系统需求难以清晰地描述。由于对MES理念和企业的实际业务缺乏一定的理解，企业在提出MES需求时，通常较为宽泛，缺乏针对性，甚至将目标与需求混为一谈。
（2）MES功能模块多，主次先后顺序难判断。MES系统的主要功能模块有11个，这对企业来说到底哪些比较重要，哪些次要，哪些应该先上，哪些后上，这些都需要考虑清楚，不能盲目的一窝蜂全上，最终还是根据企业实际需求来决定。
（3）各类数据采集难。需要通过MES收集生产过程中的各类数据，并加以分析。其中有很多数据采集存在难点，如生产运行数据是动态的，数据复杂多变，造成了各系统信息采集方式、存储格式等存在较大的差异。
（4）多方关系难以协调。实施MES需要IT部门、生产部门、合作商的紧密合作，同时还要计划、工艺、设备、品质、设备供应商等多方的大力配合。能够协调多方，沟通协作，才能使系统顺利实施。特别是IT部门和各业务部门之间，由于IT人员不熟悉业务、设备控制等，而业务人员也不熟悉IT技术，如果双方缺乏合理的沟通机制，在理解上往往会出现偏差，影响系统的实施进度。